7月13日的清晨，当真琴睁开眼睛的时候，已经是8点多了，她一路骑车飞奔到学校，路上遇见了一样快要迟到的千昭，正当两人庆幸，踩点进入教室的时候，老师宣布今天测验。
离考试结束还有5分钟，真琴的试卷大多地方还是空白。倒霉的事情继而连三，在接下来的烹饪课，由于操作马虎，真琴的锅着火了。
不出意料，测验成绩下来了，真琴只得了9分。这时闺蜜友梨过来询问真琴是选文科好，还是理科好？
放学，真琴被留下来值日，她发现了一个堆满实验装置的密室，密室里有一个闪着红光的小球滚落到了地上。
这时，有人突然闯进密室，真琴还没来得及看清来得人是谁，就滑倒了，小球融入了真琴的胳膊里，真琴陷入一阵眩晕之中。
醒来后的真琴，与千昭和功介打棒球回家，经过同一段下坡路时候，自行车的刹车失控了。此时，4点的钟声响起，真琴就要跌落到火车轨道上。
然而，时间发生了倒流，真琴再次醒来，发现自己跌倒在道路一旁，过了一会儿，4点的钟声才响起。
真琴找到了博物馆的魔女阿姨，叙述了刚才时间倒流的经过，魔女阿姨解释到时间不会逆转，只有人可能在不同时空中穿越。
魔女阿姨的解释，是非常重要的设定，这意味着，真琴以后的穿越，并不能改变原有事件的发生，但只能改变事件关联的对象。
经历了时间倒流的真琴心情烦闷，妹妹美雪以为是自己偷吃了真琴的布丁，而惹恼了真琴，想要给真琴道歉，真琴却不耐烦地从家里出来。她想到通过重现骑车下坡时的场景，可能再次穿越时空。
于是真琴从一个山坡上，快速奔跑下来，然后一跃而起！
当真琴睁开眼睛时，她已经回到了家里，打开冰箱，里面还有7月12日购买的布丁，电视里正播放着7月12日的新闻。这时，妹妹回家了，正当真琴要说布丁是自己的，不让妹妹吃时，真琴消失了。
再次出现的真琴延续着刚才跃起的动作，岸上的小男孩发现了异常。他们说真琴突然消失了一段时间，然后跳出了好远。
男孩的话也是非常重要的设定：如果有人穿越了时空，那么他/她的身体会突然消失。
真琴有一次通过跳跃穿越回7月12日，然后7月13日的早晨，真琴早早起床，在路人惊异的眼神中，来到学校。并且顺利完成了测验。
烹饪课上，真琴和高濑换组，避免了自己的油锅着火的事。
测验成绩当然也得到了100分。
下课后，与千昭和功介去卡拉OK唱歌，真琴不断地穿越时空，来延长唱歌的时间。
回到家，发现饭菜不可口，真琴穿越到前天，去吃自己喜欢的铁板烧。
真琴送魔女阿姨一份蛋糕，用来感谢魔女阿姨对自己指导。魔女阿姨一边吃着蛋糕，一边漫不经心地说：“真琴只看到了好的一面，是不是也有人会看到坏的一面呢”
那么坏的一面是什么呢？
原来，千昭也经常来展览馆，他似乎对一幅正在修补的画额外关注。
果穗向真琴的好友功介告白，千昭和真琴留下功介，结伴离开。
千昭骑车送真琴回家，回家的路上，两人聊起好友功介被表白的事情，千昭突然说，真琴可否和他交往。
真琴用时空穿越，回到了被千昭表白前。她找到魔女阿姨，魔女阿姨淡淡地说，千昭这孩子，好不容易才鼓起勇气说出来的。
真琴不断地回避和千昭，避免再次被千昭表白的尴尬。而友梨向真琴吐露了自己暗恋千昭的心意，真琴决定撮合友梨和千昭。
高濑因为烹饪课油锅着火的事情，被同学嘲笑，开始报复同学。用灭火器向嘲笑他的同学喷水，被女生友梨制止。
处于愤怒中的高濑将灭火器扔了出去，千昭挺身而出，要替友梨挡住灭火器，一旁的真琴利用时空穿越，推开了千昭，灭火器弹射了一下，只打中了友梨的背部。
医务室里，千昭来看正在包扎的友梨，并且和友梨确认了男女朋友关系。
棒球场上，千昭向真琴解释说，因为友梨理解自己的兴趣，所以决定和友梨交往。
一直回避千昭的真琴，突然感觉失落，做什么都提不起兴趣。
洗澡时，她发现自己的胳膊上有两个数字，写着90。
展览馆内，魔女阿姨一直在修补的画作完成了，这幅画正是千昭一直关注的。
魔女阿姨向真琴讲述了这幅画的含义，质疑是谁在兵慌马乱，世界处于敌对的时候，创作出这样平和安详的作品呢？
真琴发现自己胳膊上的数字越来越少了。
三个女生找到真琴，原来功介并没有答应果穗交往，他们怀疑真琴是功介的女朋友。
原来果穗的奶奶对功介的印象很好，真琴决定帮助果穗。
真琴穿越回果穗第一次向功介告白的场景，想功介说明了果穗奶奶的情况，却吓跑了果穗和两个女生。
真琴几次穿越，无功而返，终于，在她的安排，坐在中庭的果穗，被功介和游戏的男生撞倒了，功介执意要送果穗去医务室。
真琴感觉心情舒畅极了，有种做好事的感觉。
此时，真琴却发现，自己手臂上的数字变成了01。
真琴再次回到密室，想要寻找那天掉落在地上的小球，并找到当天来实验室的人。
然而，由于来的时间比上次来密室早，真琴没有什么发现，却遇见了友梨，友梨提醒真琴，今天是真琴值日。
这时，真琴接到了短信，原来功介被果穗告白了，要借真琴的自行车送果穗回家，请自己的父亲帮忙治疗挫伤。
真琴想起来，自己从密室出来的那天，骑自行车经过下坡路时，刹车失灵的经过。
她急忙给功介打电话，功介因为在与自己的父亲通话，真琴的电话无法打进来。
真琴只好提前跑到那天事故的发生的火车道口附近，询问附近的人，说这里没有事故发生，打电话给千昭，千昭正在棒球场，埋怨没人过来。
电话那头，千昭突然想要问真琴一个蠢问题，你有做时空跳跃吧？
真琴感到很惊讶和尴尬，出于回避危险的习惯，真琴再次穿越了时空，回到千昭问蠢问题之前，把话题岔开了。但是手臂上的次数变成了0。真琴确定手臂上的次数就是可以穿越时空的次数。
就在真琴挂断电话的时候，功介骑车带着果穗从她身旁经过。原来真琴又一次来早了。
与上次一样，刹车失灵了，真琴不顾一切想要避免灾难发生，然而，最后一次的穿越次数也已经用完了。
4点的钟声响了，功介和果穗就要冲上火车道了。真琴大喊着让时间停下。
时间真的静止了！
千昭出现在人群里。原来千昭把刹车失灵的自行车推了过来，避免功介骑自行车经过这里。
千昭向真琴说明了真相，原来千昭来自未来，在他的时代，发明了可以穿越时空的装置，真琴在密室里看到的类似小球的东西，正是被千昭丢失的，而刚好进入真琴的胳膊里。
千昭穿越时空的目的，是为了看展览馆里的那幅魔女阿姨修补好的画，因为那幅画，在千昭的时代，已经消失了。但是我们都知道，画是在之后的几天，才被魔女阿姨修补好，并开始展览的。
此时的展览厅，那幅画的位置，依然空空如也，千昭没有看到那幅画。
但是一切对于千昭都没有意义了，为了救功介，为了避免真琴生活在自责里，千昭动用了自己最后一次穿越时空的机会。穿越时空的机器即将破碎，他已经没有机会回到未来了。
解释：千昭从未来而来，自己装备了一个时空穿越装置，另一个备用的丢失，被真琴捡到。
真琴邀请千昭过几天，去看修补完成的画，但是千昭拒绝了，因为他向过去的人吐露了时空穿越的秘密，作为惩罚，千昭将永久消失。
果然，第二天，千昭退学了，同学们议论纷纷，只有真琴知道真相。
校园里到处是关于千昭的谣言，只有功介积极维护着千昭的形象，他也不理解千昭明明很喜欢真琴，就连招呼都不打，就离开了。
通过功介，真琴再一次了解到千昭对自己的心意，更加埋怨自己没有珍惜千昭。
真琴想要再一次穿越时空，却发现无论如何跳跃，都无济于事。真琴放声地大哭起来！
伤心的真琴找到了魔女阿姨，说自己不会再和任何同学交往。
魔女阿姨给真琴讲了一个小故事，说自己高中时代喜欢上了一个人，并一直交往到成年之前分开。直到现在，魔女阿姨还在等那个人。
但是魔女阿姨认为真琴不是和自己一样性格的人，她鼓励真琴说：如果有人约会迟到的话，跑过去接他，才是你的性格！
晚饭也不想吃的真琴躺在床上，无意识的翻开衣袖，发现自己穿越时空的次数竟然又多了1次。
原来，在下坡路，千昭穿越时空，让真琴回到了给千昭打电话之前。最后一次避免千昭的蠢问题的穿越时空的机会，又回来了。
真琴夺门而出，全力奔跑，用尽最后一次机会，穿越时空。
在穿越时空的过程中，真琴看到了以前自己、千昭和功介共同经理的美好时光。
当真琴再一次清醒的时候，她回到了那天的密室，而本来应该进入真琴胳膊的时间穿越装置，被真琴发现，放在手中。
再次来送本子的友梨，又一次表达了自己对千昭的爱慕之情，这一次，真琴直言不讳地说，我喜欢千昭。
友梨先是惊异，然后却淡然地鼓励真琴去找千昭。
呼应前文：其实友梨早知道真琴和千昭之间互相爱慕，千昭也因为友梨对自己心意的理解和包容，选择和友梨交往，友梨和千昭并没有真正地成为男女朋友。
又看到了准备向功介表白的三个女生，真琴鼓励功介邀请三人一起玩棒球，但是如果要使用真琴的自行车需要收费。
真琴在棒球场找到了千昭，把穿越时空的机器还给千昭，让千昭放心，而由于真琴使用了最后一次穿越时空的次数，机器一碰到千昭，就破碎了。
但是由于真琴倒退了时间，千昭最后一次穿越时空的机会又回来了。
千昭和真琴一起看夕阳，真琴向千昭说，等魔女阿姨修好那幅画后，她会尽力保护它，让它不会在千昭的时代消失。
千昭说夏天到了，他必须回未来去了，与真琴和功介作为朋友在一起的时光非常愉快！
听到千昭没有对自己吐露真心，真琴很伤心，她说，你不是这样说的。
千昭问真琴，但我之前是怎样说的。真琴耍起了小性子说，我不说。
这是河边的小朋友指着真琴和千昭，喊道，情侣，情侣，好亲热啊！
千昭看起来很生气的样子，厉声吓退了小朋友。
千昭让真琴转告功介，说自己回去了。另外，还有一些话，一直相对真琴说。
真琴满怀期待，而千昭却说，让真琴跑步时不要摔倒了，想个笨蛋一样，需要人关心。
两人互相说了再见，真琴让千昭走吧，等千昭走远后，真琴大哭起来！
为什么，难道千昭不喜欢自己吗？离别的伤心，委屈和难过一股脑地向真琴砸来。
正当真琴准备回去的时候，一双大手放在了真琴的肩膀上。
是千昭！
千昭将真琴搂在了怀里，然后轻轻地说：
我在未来等你！
真琴说，我一定去，马上去，跑步去！
千昭带着对真琴的呼唤，消失了，踏上了时空旅行的隧道，远方传来飞机滑过天际的声音。
校园里，正在玩棒球的队伍里，少了千昭的身影，但却增加了果穗和她的两个朋友。功介与果穗的进展令真琴满意，至少即使未来没有自己，功介也不会孤单。
千昭是以留学的名义退学了，真琴向功介保守了自己与千昭的秘密。由于千昭向真琴吐露了时间穿越的秘密，违反了规定，千昭再也无法回来看真琴了。
然而，真琴已经下定决心，等过几天，魔女阿姨修好了那幅画，她就带着画去未来寻找千昭。
Time waits for no one.
时间不等人，对待感情，与其被动等待，不如主动争取。
愿真琴带着我们对青春的青涩记忆，穿越时空，与千昭收获美满的恋情。
出自《穿越时空的少女》，原作：MAD HOUSE，导演：细田守。
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